重庆市涪陵区卫生局1998年6月29日由原涪陵市卫生局、涪陵市枳城区卫生局和涪陵市李渡区卫生局三机关归并成立，内设13个科室，取消对各区、市、县的管理、指导职责，相关工作延伸到现在的涪陵区所辖乡、镇和街道。内设科室为办公室（挂卫生应急办公室）、规划财务科、卫生法制与监督科（挂纪检监察审计）、疾病控制科、基层卫生与妇幼保健科、医政与干部保健科（挂中医科牌子）、科技教育科、组织人事科、离退休人员管理科9个科室，涪陵区卫生局机关行政编制29名，离退休工作人员专项编制2名，机关后勤服务人员事业编制3名，负责全区卫生工作管理，直属医疗卫生单位有15个，农村卫生院44个，其中涪陵区卫生科技考培中心在涪陵区卫生局机关办公，人员、经费由区卫生局统一管理。涪陵区卫生局隶属涪陵区人民政府，是主管全区卫生工作的区政府工作部门，履行着管理全区卫生工作的职能。

    目前，涪陵区卫生局代管和挂靠、合署在涪陵区卫生局内办公的非常设机构有涪陵区红十字会办公室、涪陵区爱国卫生运动委员会办公室、涪陵区初级卫生保健委员会、涪陵区艾滋病防治工作领导小组办公室、涪陵区卫生防病领导小组办公室、涪陵区母婴保健医学技术鉴定委员会办公室、涪陵区医疗事故技术鉴定委员会办公室、涪陵区儿童计划免疫保偿领导小组办公室。管理的学术团体组织有涪陵区医学会、涪陵区卫生经济学会、涪陵区中医药学会。